בתום רכישת אדמות הפרדס והגן על-ידי הברון דה מנשה, הוא ביקש למנות מנהל למקום, ולשם כך נבחר חיים יופה שבשנת 1939 החל פעילותו במקום יחד עם רעייתו מרים.
מרים (לבית כבשנה) וחיים יפה נשכרו שנים אחדות קודם לכן בידי הברון לנהל פרדס שרכש בקרית מטלון (פתח-תקווה), וזאת בהמלצת אליהו קראוזה, מנהל מקווה-ישראל והשופט צדקיהו הרכבי. עתה מונתה משפחת יפה בידי נציגי הברון לנטוע ולנהל את הפרדס והגן ב"גן מנשה". מעורבותה של המשפחה במקום הינה יוצאת דופן בתולדות הגנים בארץ-ישראל; הצירוף של משך הזמן הארוך בו היא טיפלה בגן, מקצועיותה ומסירותה בביצוע העבודה, הביא להישגים ייחודיים בטיפוחו.

המשפחה התגוררה בבית צנוע זה, חיים יפה ניהל את הפרדס, שאותו נטע במו ידיו יחד עם עוד שני פועלים, על טהרת "העבודה העברית". בקצה הפרדס קדחו באר, שבמימיה השקו את עצי הפרדס. הנכדים זוכרים את המשאבה שהופעלה במנוע דיזל, שאת צלילי ה"פק-פק" שלו שמעו למרחוק. העצים הושקו בצינורות ברזל עם "שטוצר" (ברז) לכול שורה.
בו בזמן הייתה מרים הגננית הראשית, ויש הזוקפים לזכותה את מראהו המרהיב של הגן. במרפסת, ליד עצי האורן, היא הקימה חממה, וכן היו לה גן ירק וגינת ורדים. ליפא יהלום היה ידיד קרוב שלה; הוא וגננים אחרים מכל הארץ הביאו לה צמחים. למרים היה קשר גם עם נח נפתולסקי, בתקופה שהייתה לו משתלה בשכונת בורוכוב בגבעתיים, ואשר הביא לגן פרחי ציפור גן-עדן. גם חיים יפה עצמו הסתובב ברחבי העולם, בארצות כמו מצרים ואיטליה, והביא עצי נוי מיוחדים, כגון מגנוליה ודקל הטבעות, וצמחים כמו קני במבוק, שניטעו ליד הבאר. הוא הביא לגן גם שתילים וזרעים של עצי פרי שעד אז כמעט שלא נראו בארץ, כגון שסק, אנונה, אגוז, אבוקדו ומנגו (שהיה אהוב במיוחד על הברון דה מנשה, ופירותיו נשלחו לביתו במצרים). בנטיעות עזרו לו חברי גרעין ההכשרה של קיבוץ 'העוגן', שישבו בכפר-סבא.
במקום ניטעה, אם כן, צמחייה ייחודית ומגוונת, לרבות צמחים שהגיעו ממשתלות ומחוות אקלום, כמו זו שהייתה במקווה-ישראל. בין השאר הובאו ארז הלבנון, עצי פיטולקה (שכונו בפי המשפחה "עץ הברוגז", שכן בצלם ישבו הילדים בשעת כעס) ואורנים מאיטליה. ליד מפל המים שב"מערה" ניטעו דקל מצרי, מגנוליה, כליל החורש ובת עופרית.
הגן התנהל כמשק אוטרקי וכלל לול תרנגולות ועדר עיזים וכבשים, שמחלבן ייצרו גבינות. פעם בשבוע היה חיים נוסע לכפר-סבא לקנות מצרכי יסוד, כמו קמח ושמן. במהלך מלחמת העולם השנייה לא ניתנו רישיונות לכלי רכב פרטיים בשל מחסור בדלק, אך ברשותו הייתה מכונית בעלת אישור מיוחד, שסודר על-ידי הברון דה מנשה. בטנדר זה, שהיה עמוס פרי הדר, העביר חיים נשק למקומות מסתור של ה"הגנה".
בתקופה זו המקום היה עדיין מחוץ לגבולות המועצה המקומית כפר-סבא.
"גן מנשה" היה בתקופת המנדט מקום מפגש של חברי הפלמ"ח וההגנה. בגג הבית הותקן סליק ועל הגג – תחנת קשר, שהוסוותה כשובך יונים. אלישבע, אלחוטאית של הפלמ"ח, גרה בבית דרך קבע, שהתה בעמדה בלילה וישנה ביום. היא הוצגה בפני כולם כ"מנקה ועוזרת" ולכן התפלאו האורחים על כך, שמרים מגישה להם בעצמה את התה והארוחות…
האזור כולו היה מוקף יישובים ערביים וחיים יפה, שדיבר ערבית, קשר איתם יחסי שכנות טובים. ליד גדר הפרדס עמד אוהל שבו גרה תקופה ארוכה משפחת חוסיין אבו, אחד השומרים הוותיקים בפתח-תקווה וידידו של "זקן השומרים" אברהם שפירא. בתחילת מלחמת השחרור ליווה אותו יפה עד לגבול ירדן כדי לשמור על שלומו. במהלך מלחמת העולם השנייה העביר חיים בטנדר שלו, שהיה עמוס פרי הדר, נשק ואמצעי לחימה אחרים ל"הגנה".
לגן המופלא הגיעו במשך השנים רבים ממנהיגי היישוב, כגון דוד בן-גוריון וארתור רופין, אנשי תרבות כאהרון מסקין וחנה רובינא ואף אורחים מחוץ-לארץ. השחקנית האיטלקייה סופיה לורן, למשל, ביקרה במקום בשנת 1964, בזמן ששהתה בארץ לצורך צילומי הסרט "יהודית". הביא אותה לכאן אברהם יפה, בנם של מרים וחיים, שאירח אותה בהיותו אלוף פיקוד הצפון. מחזהו של ניסים אלוני, "הכלה וצייד הפרפרים", עובד לסרט בבימויו של רם לוי ובהשתתפות גילה אלמגור, יוסי בנאי ויוסי פולק. הוא הוסרט ב"גן מנשה" והוקרן בטלוויזיה בשנת 1974.
חיים ומרים יפה הם הוריהם של האלוף הידוע אברהם יפה, של אנשי הפלמ"ח אורי ושאול יפה ושל חנה יפה תמיר. חיים חי בגן עד מותו בשנת 1966 ומרים המשיכה בפועלה בגן מנשה עד שנת 1967.