בחצר הפסיפסים של המוזאון מוצגים קטעי רצפות פסיפס מאתרי חפירות באזור וממצא חדש,
העתק של רצפת פסיפס שנתגלתה בבית כנסת בה מוזכרת כפר-סבא. 

כפר־סבא הקדומה נזכרת בתלמוד (ירושלמי דמאי פ"ב, כב, ג), מקור שזמנו כנראה המאה הרביעית לספירה,
בסוגיה העוסקת במצוות שביעית, מעשרות ותרומות התלויות בארץ. היישוב נמנה במסגרת תיאור תחומה של העיר קיסריה,
שבו היהודים והנוכרים רבים מן הכותים (שומרונים), ולכן פירותיו מותרים: "ישראל משמטין וגוי פטור, ישראל וגוים רבים על כותים... עד היכן,
פונדקא דעמודא פונדקא דטיבתא עד כפר סבא וצורן ודאר כקיסרין". 

סוגיה זו מופיעה גם בכתובת הכלולה ברצפת הפסיפס של בית הכנסת מהתקופה הביזנטית (המאות השישית והשביעית לספירה)
אשר התגלה בתל רחוב שמדרום לבית שאן. מעניין, ששם היישוב נכתב בכתובת זו 'כפר סבה' ולא כמקובל עלינו.
לרצפה חשיבות רבה, תיעוד כפר-סבא בתקופת המשנה והתלמוד.
כמו כן, מוצגים שני קטעי פסיפס מקוריים אשר נתגלו בכנסיה מהתקופה הביזנטית בקיבוץ בחן כיום.